پس از واقعه عاشورا، سکينه و ديگر بانوان به اسارت دشمن در آمده و همراه با کاروان اسرا به کوفه و شام برده شدند.
در توصيف چگونگي ورود اسراي اهل بيت(ع) به شام از يکي از اصحاب پيامبر اکرم(ص) به نام سهل بن سعد ساعدي روايت شده که روز ورود اسرا به شام مردي را ديدم که سري بر نيزه داشت که سيمايش بسيار شبيه سيماي رسول خدا(ص) بود و از پي آن دختري را ديدم که بر شتري برهنه و بي‌محمل سوار بود.
خود را شتابان به او رساندم و گفتم: «دخترم شما کيستي؟»
گفت: «سکينه دختر حسين(ع)»
گفتم: «آيا از من کاري ساخته است؟ من سهل بن سعد هستم که جدت را ديده و سخن او را شنيده‌ام»
گفت: اي سهل اگر براي تو ممکن است بگو تا اين سرها را از اطراف ما دور کنند تا مردم به تماشاي اين سرها مشغول شده کمتر به حرم رسول خدا(ص) نگاه کنند.
سهل ساعدي چهل دينار زر سرخ (چهار صد دينار) به نيزه‌دار داد تا سر امام را از زنان اهل حرم دور کند.»

خوارزمي، مقتل الحسين(ع)، صص60- 61 و مجلسي، بحارالانوار، ج45، صص127-128.